La chrononutrition se base sur la chronobiologie. Celle-ci se réfère aux sécrétions enzymatiques et hormonales de l’organisme humain qui sont sous la commande de différents stimuli, comme les activités quotidiennes, la lumière, le sommeil, le chaud, le froid, la faim et la satiété. La connaissance de la chronobiologie associée à la programmation instinctive de nos ancêtres primitifs (chasseurs- cueilleurs) et des animaux dans la nature, ont permis de constater qu’il faudrait manger gras le matin, dense le midi, sucré l’après-midi et léger le soir.
À la base, la chrononutrition donne priorité à l’instinct. Elle prend aussi en compte l’appétit ainsi que la morphologie, le milieu de vie et les activités de chaque personne.

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